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Por lo general las personas sanas se recuperan por completo de la infección antes de seis meses. En la mayoría de los casos, el sistema inmunológico responde con eficacia y no es necesario un tratamiento específico. Cerca de cinco por ciento de casos de fiebre del valle resultan en pulmonía con desarrollo de nódulos en el pulmón. Estos son pequeños residuos de la infección que aparacen generalmente como lesiones aisladas, y típicamente no producen ningún síntoma. En una radiografía toráxica, estos nódulos se parecen al cáncer pulmonar. Desafortunadamente, por lo general no es posible hacer un diagnóstico definitivo sin extraer el nódulo o una parte de éste por broncoscopia, aspiración con aguja o cirugía.

Otro cinco por ciento de pacientes desarrolla cavidades pulmonares después de la infección inicial con fiebre del valle. Estas cavidades, generalmente sin síntomas, ocurren con más frecuencia en personas de edad y más del 50% desaparecen en dos años. Ocasionalmente, estas cavidades se rompen causando dolor en el pecho y dificultad para respirar y requieren reparación quirúrgica.

De los pacientes que buscan atención médica para la fiebre del valle, uno al dos por ciento han desarrollado una enfermedad que se ha diseminado a otras partes de cuerpo. La piel es el órgano de diseminación más común. Los cultivos de las biopsias de lesiones de la piel pueden revelar fiebre del valle. Los huesos y las articulaciones (especialmente las rodillas, las vertebras y las muñecas) son otros sitios frecuentes de diseminación. Los cambios en los huesos y en las articulaciones causados por la infección de la fiebre del valle se pueden ver en radiografias y escanogramas TAC de la parte del cuerpo afectada. La complicación de la infección diseminada más grave y de mayor mortalidad es la meningitis. Los síntomas incluyen dolor de cabeza, vómito, rigidez del cuello, y otras perturbaciones del sistema nervioso central. Se requiere una punción lumbar para el diagnóstico definitivo de la meningitis.